在美国,薄壳山核桃主产区常见虫害有数十种,主要害虫为山核桃巢斑螟、美核桃象甲、胡桃小蠹蛾、胡桃黑蚜和胡桃黄蚜等,锯天牛、阔颈天牛和核桃木蠹蛾等蛀干类害虫也有危害。据我国有关人员调查,浙南地区薄壳山核桃虫害有74种,山核桃瘿蚜和警根瘤蚜常造成危害;豫西地区天牛危害较严重,应引起重视。
薄壳山核桃园常见病害有真菌性病害(如山核桃黑斑病、白粉病、红霉病、脉斑病、肝斑病、顶梢枯死病和白绢病等),细菌性病害(如根腐病),类菌质体引起的病害(如丛枝病),线虫引起的病害(如根结线虫)以及生理性病害(如缺锌引起的莲座丛叶病)等。应根据病害类型采取不同的防治方法。